PubChem

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PubChemは、化学分子データベースの一つ。このシステムは、アメリカ国立衛生研究所(NIH)の下の国立医学図書館(NLM)の一部門である国立生物工学情報センター(NCBI)によって維持管理されている。ウェブユーザインタフェースを通して自由に接続する事ができ、数百万の化合物構造および記述のデータセットをFTP経由でダウンロードすることが可能である。PubChemに集積されているのは1000原子および1000結合より少ない小さな分子である。

アメリカ化���会(ACS)は、PubChemはChemical Abstractsと競合していると主張し、アメリカ合衆国議会に対してPubChemの運用の制限を求めている^[1]。80以上のデータベース供給元がPubChemの増大に寄与している^[2]。

PubChemの中核は、提供者から寄託された化学物質情報を保持するSubstance、Substanceから抽出・標準化された一意の化学構造を保持するCompound、化学物質を用いた生物学的実験の記述と結果を保持するBioAssayである^[3]。Substanceの各レコードには提供者由来の記述が保持され、同一分子について異なる提供者や異なる試料由来のレコードが並存する^[3]。Compoundは、PubChemの標準化処理により化学構造を検証・正規化し、同一構造をCIDへ集約するための層として使われる^[3]。2024年時点のPubChemは、Substance、Compound、BioAssayに加え、Protein、Gene、Pathway、Cell Line、Taxonomy、Patentなど複数のデータコレクションを相互に結び、タンパク質、遺伝子、代謝経路、生物種、特許文献などから化学物質を参照できる構成をとっていた^[4]。2026年6月25日時点の統計ページでは、Compoundが123,927,374件、Substanceが347,121,972件、BioAssayが1,980,553件、Data Sourcesが1,117件とされている^[5]。

利用面では、PubChemは化合物名、分子式、構造、識別子などによる検索を提供し、物性、生物活性、安全性・毒性、特許、文献情報をレコードごとに参照できる^[6]。データ取得にはウェブ画面に加え、PUG-REST、PUG-View、Entrez Utilities、PubChemRDFなどのプログラムアクセス経路が用意され、PUG-RESTはURLに入力、操作、出力形式を含める形式でデータを取得する^[7][8]。PubChemの2025年更新では、文献リストを統合表示するconsolidated literature panel、特許文書中の共起情報を表示するpatent knowledge panel、非離散構造をもつ化学物質の専用ページなどが追加・拡張された^[4]。

• 化学データベース
• 国立生物工学情報センター
• GenBank

ウィキデータにはPubChemのプロパティであるP662があります。（使用状況）

• PubChem（英語） - NIH